Q :

He must learn to think logicaly , to organize ideas coherently ,and to express them clearly.
왜 them 뒤에 부사가 들어가나요? express다음 목적어 형용가 맞지않나요?

A :

to express them clearly.  그 아이디어들을 분명하게 표현하기

즉 them 을 설명하는 것이 아니라 동사 express 를 수식하고 있기때문에

부사 clearly 가 맞습니다.